15 ноября 1988 года Приказом МВД Советского Союза № 0014 «О создании управления по борьбе с организованной преступностью» было организовано 6-е управление МВД СССР в количестве 32 человек. Эта дата стала точкой отсчета в формировании данных подразделений и праздника «День создания подразделений по борьбе с организованной преступностью».
В феврале 1991-го года ведомство было реорганизовано, в его ответственность вошла борьба с наиболее опасными преступлениями, а также коррупция и наркобизнес. Через полгода СССР перестал существовать, последовала очередная реорганизация структуры в Главное управление по организованной преступности МВД Российской Федерации.
С 2004-го по 2008-ой год структура носила название «Департамент по борьбе с организованной преступностью, экстремизмом и терроризмом МВД России».
Реформа 2008-го года преобразовала ведомство в «Главное управление по противодействию экстремизму МВД РФ».